Print Friendly, PDF & Email
TPMT -mer detaljer om genvariantene

Det er store forskjeller i TPMT-enzymaktivitet mellom individer. Blant kaukasere har det blitt rapportert at 88,6% har høy, 11,1% intermediær og 0,3% ingen påviselig TPMT-aktivitet (Weinshilboum R et al., Am J Hum Genet 1980; 32:651–662). Forskjellene i enzymaktivitet kan i stor grad forklares av TPMT-genvarianter (Krynetski EY et al, Proc Natl Acad Sci USA 1995; 92:949–953. og Tai HL et al, Am J Hum Genet 1996; 58:694–702.)

TPMT-genet er lokalisert på kromosom 6p22.3 og består av 10 eksoner. Det finnes minst 30 TPMT-genvarianter som påvirker TPMT-enzymaktiviteten. De fleste av disse er ikke-synonyme (missense) sekvensvarianter som gir aminosyreendring og har blitt assosiert med redusert eller manglende TPMT-aktivitet. Til sammen utgjør TPMT*3A, *3C og *2 ca. 95% av genvariantene som gir redusert eller manglende enzymaktivitet.

TPMT-genvarianter som analyseres ved OUS-RH

Allel Sekvensvariant
(nukleotidendring i DNA)1
Referanse SNP (rs) ID Molekylær effekt Allelets funksjonelle status Inkludert i analyse
(fra dato)
Kommentar

*2

Enkeltnukleotidvariant (SNV),
NM_000367.4:c.238G>C
(p.Ala80Pro)

rs1800462

Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet.

Ingen funksjon mai 2002

*3B

Enkeltnukleotidvariant (SNV), NM_000367.4:c.460G>A (p.Ala154Thr)

rs1800460

Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet.

Ingen funksjon

desember 2001

*3C

Enkeltnukleotidvariant (SNV),NM_000367.4:c.719A>G (p.Tyr240Cys)

rs1142345

Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet.

Ingen funksjon

desember 2001

*3A

Forekomst av TPMT*3C-varianten på samme allel som TPMT*3B-sekvensvarianten benevnes TPMT*3A.

rs1800460 + rs1142345

Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet.

Ingen funksjon

desember 2001

*16

Enkeltnukleotidvariant (SNV), NM_000367.4:c.488G>A (p.Arg163His)

rs144041067

Trolig redusert funksjon

Referanser

    1Jfr. referansesekvens NM_000367.2 og NP_000358.1.

    2Forekomsten av genvarianter kan være høyere eller lavere i andre (sub)populasjoner.

    3TPMT*1 (villtype) betyr at ingen av de undersøkte sekvensvariantene er påvist og innebærer vanligvis normal enzymaktivitet.

    4Kunnskapen om TPMT*16-allelet er begrenset.

    Forkortelser: Kau= kaukasisk, Af= afrikansk, As= asiatisk opphav

Av Silja Skogstad Tuv & Stein Bergan (Oppdatert pr. 27.10.17)