- Analyse CYP2D6 genotype
- Rekvisisjon kan lastes ned herfra.
- Prøvemateriale: EDTA-fullblod (lilla propp); volum 0,5 mL.
- Analysemetode: Analysene baseres på ekstraksjon av genomisk DNA fra fullblod og påfølgende sanntids-PCR. Enkeltnukleotidvarianter (SNVer) påvises ved smeltekurveanalyse og bruk av hybrididseringsprober (genotyping), mens kopitallvariasjon analyseres ved TaqMan-assay (hydrolyseprober). I tillegg brukes long-range PCR for påvisning av kopitall.
- Genvarianter som undersøkes, se Tabell.
- Dersom ingen av variantene blir påvist, oppgis genotypen som *1 (normal eller vill-type).
Andre sjeldne sekvensvarianter som kan påvirke legemiddelomsetningen kan ikke utelukkes. - Holdbarhet før analyse: 7 døgn i romtemp • Ved lang (>1mnd) tids oppbevaring: i fryser.
- Forsendelse: Lokalt i romtemperatur
- Laboratoriets rutine: Analyseres ukentlig; svartid to uker; ta kontakt ved behov for raskere svar
- Spørsmål om analysene eller resultater, kontakt oss på telefon.
Med denne analysen undersøkes varianter i genet CYP2D6 som koder for enzymet CYP2D6.
Nærmere en fjerdedel av alle legemidler som er i bruk omdannes i en viss grad via dette enzymet. Det er et stort antall varianter (polymorfismer) som er påvist for dette genet.
De varianter som undersøkes her, er av de mest hyppige og samtidig valgt ut fordi man kjenner hvordan de påvirker enzymaktiviteten. I tabellene nedenfor er det først listet opp legemidler hvor man har evidens for at genvariantene kan ha en konsekvens med hensyn til individuelt dosebehov, effektivitet og risiko for bivirkninger. Videre har vi et par tabeller som viser sammenhengen mellom genvariantene, effekt på enzymaktiviteten og hvordan dette påvirker ulike legemidler. I teksten har vi også summert opp noe av forklaringene på hvorfor det også kan være betydelig usikkerhet i å predikere betydningen for et gitt medikament til den enkelte pasient.
Når gen-analyser skal rekvireres, anbefaler vi at nyeste versjon av vår rekvisisjon brukes. Den kan lastes ned herfra. Ved å krysse av for aktuelle legemidler og eventuelt supplere med noen ord om problemstillingen, vil vi ved utsendelse av analyseresultatene ofte kunne gi noe mer spesifikk tolkning og forklaring til eventuelle varianter som er påvist.
Les videre for mer info om genotyping og CYP2D6 her:
Om analysemetodikk for påvisning av enkeltnukleotidvarianter (SNPs) og kopitallsvariasjon
- Generelt om genanalysene
Farmakogenetiske analyser utføres ved Oslo universitetssykehus i samarbeid mellom avdelingene for hhv farmakologi medisinsk biokjemi ved Rikshospitalet. Analysene baseres på ekstraksjon av genomisk DNA fra fullblod og påfølgende sanntids-PCR. Enkeltnukleotidvarianter (SNVer) påvises ved smeltekurveanalyse og bruk av hybrididseringsprober (genotyping), mens kopitallvariasjon analyseres ved TaqMan-assay (hydrolyseprober). Sanntids-PCR er raskt og sensitivt, og primere og prober sikrer analytisk spesifisitet. Genetisk variasjon i bindesetene for primere og prober vil kunne påvirke analysen. Ved etablering av metoden tilstreber man å legge primere og prober til områder i DNA uten kjent sekvensvariasjon. Man kan imidlertid aldri sikre seg helt mot svært sjeldne (ikke rapporterte) sekvensvariasjoner som kan påvirke analyseresultatet. Dersom ingen av SNVene som analyseres i rutinen blir påvist, oppgis genotypen som *1 (normal eller vill-type). Andre sjeldne sekvensvarianter som kan påvirke legemiddelomsetningen kan ikke utelukkes. - Sammensatt heterozygoti
Dersom det samlede analyseresultatet for en prøve påviser to eller flere ulike SNVer er pasienten sammensatt heterozygot. Analysemetoden gir ikke svar på om variantene ligger på den samme eller på hver sin DNA-tråd. Noen farmakogenetiske varianter er kjent for å nedarves på samme DNA-tråd og disse rapporteres som en haplotype (f eks TPMT *3A). I mange tilfeller vil ikke nedarvingsmønsteret ha betydning for fenotypisk kategorisering av pasientens (forventede) legemiddelmetabolisme. Betydningen av kombinasjoner av genvarianter blir medisinskfaglig vurdert og eventuell usikkerhet vil fremkomme i svarrapporten. - Om CYP2D6 kopitallsanalyse
CYP2D6 er et svært polymorft gen og i tillegg til SNVer er strukturell CYP2D6-variasjon relativt hyppig forekommende. Metodene som brukes for å analysere kopitallsvariasjon påviser eventuell delesjon eller duplikasjon av hele CYP2D6 ved long-range PCR-reaksjoner og undersøker to ulike områder i CYP2D6-genet (intron 6 og ekson 9) ved TaqMan sanntids-PCR. Strukturell variasjon som er beskrevet for CYP2D6 inkluderer duplisering/multiplisering av hele eller deler av CYP2D6-genet, forekomst av CYP2D6/CYP2D7 og CYP2D7/CYP2D6 hybridgener og tandem-varianter (to eller flere ulike CYP2D6 strukturelle varianter på samme DNA-tråd). Resultatene etter CYP2D6 kopitallsanalyse vil i noen tilfeller være vanskelige å tolke. Dette skyldes gjerne egenskaper ved prøven som påvirker PCR-reaksjonene eller en kompleks genotype. Analysemetodene som benyttes hos oss vil ikke kunne gi svar på alle mulige strukturelle varianter for CYP2D6, og dersom pasienten har duplikasjon (eller multiplikasjon) av CYP2D6 og én (eller flere SNVer) vil ikke metoden gi svar på hvilket allel som er duplisert (eller multiplisert). Eventuell usikkerhet knyttet til kategorisering av fenotype vil fremkomme i svarrapporten. - Andre kommentarer til gen-analysene
Pasientens genotype er i utgangspunktet stabil og uendret gjennom hele livet. Det er således normalt ikke indisert å gjenta en genotyping hvis den er utført tidligere og svaret er tilgjengelig for rapportering. Unntak kan være:- Ønske om ny genotyping med en mer omfattende metode: Hvis man tidligere bare har fått undersøkt én eller noen få DNA-sekvensvarianter i det aktuelle genet, kan det være aktuelt å teste på ny med en ny eller mer omfattende metode som fanger opp flere varianter.
- Pasienten er transplantert: Stamcelletransplantasjon tilfører donorleukocytter, noe som vil gi endret genotype ved analysering av blodprøve. Organtransplantasjon tilfører organ med donors genotype. Blodceller og øvrige vev er da uendret.
- Mistanke om feil: Selv om det er sjelden, kan det forekomme berettiget mistanke om feil genotyperesultat. I så fall kan ny genotyping være indisert. I tillegg til prøveforbytning eller feil knyttet til analysering eller rapportering, kan det ved leukopeni i forbindelse med graviditet eller hos personer som får ordinær blodoverføring (én enhet SAG-blod kan inneholde inntil 1 million leukocytter) forekomme at det i en periode på inntil noen måneder blir en tilblanding og proliferasjon av hhv fosters eller blodgivers leukocytter (mikrokimerisme) som kan gi endret genotyperesultat.
- Klonal ekspansjon av mutert cellelinje hos pasienten.
- Kilder/referanser
Bremer S, Genetikkens rolle i persontilpasset legemiddelbehandling, Norsk Farmaceutisk Tidsskrift 2020; 9: 30–7
www.PharmVar.org
www.pharmgkb.org
Mer om CYP2D6 – Bakgrunn og forklaring på variabel respons
- CYP2D6
er involvert i omsetningen av en rekke legemidler. Dette enzymet viser stor variasjon i aktivitet fra person til person, og noe av dette kan forklares ved forekomsten av genetiske varianter. - Genvarianter
I noen tilfeller (særlig ved homozygot variant), kan den endrede CYP2D6-aktiviteten være en avgjørende faktor som forklarer eller predikerer individuelt dosebehov, eventuelt manglende effekt eller toksisitet. - Andre faktorer. Det er imidlertid en rekke andre faktorer som også kan påvirke konsentrasjonen av aktivt legemiddel eller effekten etter en gitt dose:
- Andre cyp’er
Mange legemidler metaboliseres av mer enn ett cyp-enzym, så hvis «hovedveien» er påvirket av gen-varianter, kan andre cyp-enzymer «ta over» metaboliseringen. Eksempel på dette er karvedilol som har flere omsetningsveier, noe som kan være årsak til at CYP2D6-genotype ikke har blitt identifisert som en vesentlig faktor -slik det har for eksempelvis metoprolol. - CYP-hemmere
CYP-enzymenes aktivitet kan også påvirkes ved samtidig bruk av legemidler som hemmer enzymet. Her er CYP2D6 et typisk eksempel, siden mange legemidler kan være hemmere, f.eks. blant psykofarmaka særlig bupropion, paroksetin og fluoksetin. Hvis man bruker slike hemmere samtidig med et legemiddel som er CYP2D6-substrat, kan man få like kraftig reduksjon i enzymaktiviteten som man ser ved genvarianter. Derfor vil man se slik advarsel f.eks ved et legemiddel som tamoksifen. - Sjeldne varianter
Cyp-genene er etter hvert grundig kartlagt, og det finnes sjeldne varianter som det ikke er kostnadstjenlig å inkludere i dagens metoder. Derfor kan det en sjelden gang skjule seg varianter bak et svar som blir rapportert som *1, siden dette kun betyr at ingen av de undersøkte variantene er påvist (men ikke kan garantere for sjeldne eller hittil ukjente varianter).
- Reseptorene
Den eventuelle kliniske betydning av genetiske polymorfismer på reseptornivå er i liten grad kartlagt. Dette kan være en av forklaringene på at man ikke alltid finner redusert CYP2D6-aktivitet hos pasienter som ikke opplever smertestillende effekt av kodein og tramadol -selv om dette passer i mange tilfeller. Så langt er det imidlertid ikke funnet varianter i gener for reseptorer som kan forklare dette.
- Andre cyp’er
- TDM – serumkonsentrasjonsmålinger …se analyseoversikt for OUS her.
For mange av legemidlene som metaboliseres av cyp’er finnes muligheten for konsentrasjonsmålinger av legemiddel i serum. Ofte er det allerede gjort, og man får utført genotyping for å se om forklaringen på uventet konsentrasjonsnivå ligger her. Uansett rekkefølgen, genotyping og konsentrasjonsmålinger vil ofte komplettere hverandre.
Aktuelle legemidler
Tabell: Legemidler hvor CYP2D6 er relevant
| Terapiområde | Virkestoff | Handelsnavn |
|---|---|---|
| Smertestillende | kodein* | Paralgin Forte, Pinex forte |
| tramadol* | Nobligan, Tramagetic | |
| Antidepressiva | fluvoksamin | Fevarin |
| paroksetin | Seroxat | |
| nortriptylin | Noritren | |
| venlafaksin | Efexor | |
| mirtazapin | Remeron | |
| mianserin | Mianserin | |
| vortioksetin | Brintellix | |
| doksepin** | Sinequan | |
| klomipramin** | Anafranil | |
| amitriptylin** | Sarotex | |
| trimipramin** | Surmontil | |
| Antipsykotika | zuklopentiksol | Cisordinol |
| aripiprazol | Abilify | |
| risperidon | Risperdal | |
| haloperidol | Haldol | |
| pimozid | Orap | |
| perfenazin | Trilafon | |
| sertindol | Serdolect | |
| brekspiprazol | Rxulti | |
| Hjerte-kar | metoprolol | Seloken, Selo-Zok |
| flekainid | Tambocor | |
| Antiemetika | ondansetron | Zofran |
| tropisetron | Navoban | |
| Antiøstrogen | tamoksifen* | Nolvadex |
| Sentralstimulerende | atomoxetin | Strattera |
* prodrug
** disse legemidlene omdannes via både CYP2D6 og CYP2C19. Analyse av begge gener bør utføres.
Sekvensvarianter som undersøkes
Dersom CYP2D6-genotyping rekvireres eksplisitt eller det er angitt at man ønsker farmakogenetisk undersøkelse mht medikamenter som omdannes via CYP2D6, blir prøven analysert for alle variantene som er vist i tabellene her.
Tabell: Sekvensvarianter og aktivitet for CYP2D6
| Allel | HGVS referansesekvens --Kodende | HGVS referansesekvens -- Protein | Referanse SNP (rs) ID | Molekylær effekt | Allelets funksjonelle status | Aktivitets- score | Inkludert i analyse (fra dato) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| *1 | Normalt genuttrykk | Normal funksjon | 1 | ||||
| *3 | NM_000106.5: c.775delA | NP_000097.3: p.Arg259Glyfs | rs35742686 | Leserammeskift | Ingen funksjon | 0 | |
| *4 | NM_000106.5: c.506-1G>A | - | rs3892097 | Spleisedefekt | Ingen funksjon | 0 | |
| *5 | - | - | - | Delesjon av hele CYP2D6-genet | Ingen funksjon | 0 | |
| *6 | NM_000106.5: c.454delT | NP_000097.3: p.Trp152Glyfs | rs5030655 | Leserammeskift | Ingen funksjon | 0 | |
| *9 | NM_00106.6: c.841delAAG | NP_000097.3 p.Lys281del | rs5030656 | Mulig påvirkning av genekspresjon | Redusert funksjon | 0,5 | aug. 21 |
| *10 § | NM_00106.6: c.100C>T | NP_000097.3 p.Pro34Ala | rs1065852 | Endret protein- folding som gir ustabilt enzym | Redusert funksjon | 0,25 | aug. 21 |
| *41 | NM_00106.6: c.985+39G>A | - | rs28371725 | Spleisedefekt | Redusert funksjon | 0,5 | aug. 21 |
| Genkopitall | - | - | - | Multiplikasjon av CYP2D6-genet | Avhenger av hvilket allel som er multiplisert | Avh av hvilket allel som er multiplisert |
CYP2D6*1 rapporteres når ingen av de undersøkte sekvensvarianter er påvist, og innebærer vanligvis normal enzymaktivitet. Andre, sjeldne sekvensvarianter som kan medføre endret enzymaktivitet, kan ikke utelukkes.
§ *10 forekommer alene, men også ofte i kombinasjon med *4 (blir da rapportert som *4)
…
Farmakokinetisk og klinisk betydning av CYP2D6 genotype
Tabell: CYP2D6-genotyper ➡ fenotype. Betydning for enzymaktivitet av CYP2D6. (Den kliniske betydning for legemidler vil variere og er i varierende grad dokumentert, se forklaring i teksten. )
| CYP2D6 genotype | Aktivitetsscore samlet for genotype | Betydning for CYP2D6 enzymaktivitet | Betydning for legemidler som inaktiveres via CYP2D6 (eks metoprolol) | Betydning for legemidler som aktiveres via CYP2D6 (eks kodein) |
|---|---|---|---|---|
| *1/*1xN | >2 | Økt enzymaktivitet | Økt metabolisering; kan medføre manglende effekt / økt dosebehov | Mulig økt serumkons aktiv metabolitt og økt risiko for toksisitet |
| *1/3...6xN | 2 (hvis *1 duplisert) 1 (hvis *3...*6 duplisert) | Normal eller redusert enzymaktivitet | Normal eller nedsatt metabolisering; kan gi redusert dosebehov | Normal eller redusert kons aktivert legemiddel |
| *1/*1; *1/*9; *1/*10; *1/*41; *3...*6/*9; *10; *41 | 1,25 - 2 | Normal enzymaktivitet | Normal serumkonsentrasjon | Normal serumkons av aktivert legemiddel |
| *1/*3...*6; *9/*9; *10/*10; *41/*41 | 0,5 - 1 | Redusert enzymaktivitet | Nedsatt metabolisering; serumkons kan bli høyere enn forventet (ved normal dosering) og dermed økt risiko for bivirkninger | Serumkons av aktivt legemiddel kan bli lavere enn forventet (ved normal dosering) og dermed svakere effekt |
| *3...*6/*3...*6 | 0 | Manglende enzymaktivitet | Ikke metabolisering via CYP2D6. Økt serumkonsentrasjon (i forhold til dose) og økt risiko for bivirkninger. | Serumkons av aktivt legemiddel blir lav (ved normal dosering); manglende effekt |
Referanser:
Web-side for legemiddelanalyser og farmakogenetikk ved Oslo universitetssykehus
Oppdatert informasjon om CYP2D6, oversikt over genvarianter og referanser til literatur som anbefalingene bygger på, finnes på websiden PharmGKB;
PharmGKB: tabeller med genvarianter, allelfrekvenser, diplotyper…
PharmGKB om CYP2D6
Publisert av A.C.Svarstad, S.S.Tuv & S.Bergan
Sist oppdatert 14.juli 2022