Info om våre farmakogenetiske analyser finnes også på OUS-websiden Labfag
  • Farmakogenetikk-analyser; CYP, DPYD, TPMT, NUDT15, SLCO1B1, VKORC1 …praktisk info:
  • Rekvisisjon kan lastes ned herfra.
  • Prøvemateriale: EDTA-fullblod (lilla propp); volum 0,5 mL. (Ett glass er nok selv om det rekvireres flere gen-analyser)
  • Analysemetode: Analysene baseres på ekstraksjon av genomisk DNA fra fullblod og påfølgende sanntids-PCR. Enkeltnukleotidvarianter (SNVer) påvises ved smeltekurveanalyse og bruk av hybrididseringsprober (genotyping), mens kopitallvariasjon analyseres ved TaqMan-assay (hydrolyseprober). I tillegg brukes long-range PCR for påvisning av kopitall.
  • Genvarianter som undersøkes, se oversikt genvarianter.
  • Dersom ingen av variantene blir påvist, oppgis genotypen som *1 (normal eller vill-type).
    Andre sjeldne sekvensvarianter (enn de som er nevnt under hver analyse) som kan påvirke legemiddelomsetningen, kan ikke utelukkes.
  • Holdbarhet før analyse: 7 døgn i romtemp • Ved lang (>1mnd) tids oppbevaring: i fryser.
    • Forsendelse: Lokalt i romtemperatur
  • Laboratoriets rutine: Analyseres minst én gang pr uke; ta kontakt ved behov for raskere svar
  • Om tolkning av farmakogenetikk-analyseresultater: sjekk cypinfo.no
    evt. ta kontakt på vår vakttelefon

Om analysemetodikk for påvisning av enkeltnukleotidvarianter (SNPs) og kopitallsvariasjon

  • Generelt om genanalysene
    Farmakogenetiske analyser utføres ved Oslo universitetssykehus i samarbeid mellom avdelingene for hhv farmakologi og medisinsk biokjemi ved Rikshospitalet. Analysene baseres på ekstraksjon av genomisk DNA fra fullblod og påfølgende sanntids-PCR. Enkeltnukleotidvarianter (SNVer) påvises ved smeltekurveanalyse og bruk av hybrididseringsprober (genotyping), mens kopitallvariasjon analyseres ved TaqMan-assay (hydrolyseprober). Sanntids-PCR er raskt og sensitivt, og primere og prober sikrer analytisk spesifisitet. Genetisk variasjon i bindesetene for primere og prober vil kunne påvirke analysen. Ved etablering av metoden tilstreber man å legge primere og prober til områder i DNA uten kjent sekvensvariasjon. Man kan imidlertid aldri sikre seg helt mot svært sjeldne (ikke rapporterte) sekvensvariasjoner som kan påvirke analyseresultatet. Dersom ingen av SNVene som analyseres i rutinen blir påvist, oppgis genotypen som *1 (normal eller vill-type). Andre sjeldne sekvensvarianter som kan påvirke legemiddelomsetningen kan ikke utelukkes.
  • Sammensatt heterozygoti
    Dersom det samlede analyseresultatet for en prøve påviser to eller flere ulike SNVer er pasienten sammensatt heterozygot. Analysemetoden gir ikke svar på om variantene ligger på den samme eller på hver sin DNA-tråd. Noen farmakogenetiske varianter er kjent for å nedarves på samme DNA-tråd og disse rapporteres som en haplotype (f eks TPMT *3A). I mange tilfeller vil ikke nedarvingsmønsteret ha betydning for fenotypisk kategorisering av pasientens (forventede) legemiddelmetabolisme. Betydningen av kombinasjoner av genvarianter blir medisinskfaglig vurdert og eventuell usikkerhet vil fremkomme i svarrapporten.
  • Om CYP2D6 kopitallsanalyse
    CYP2D6 er et svært polymorft gen og i tillegg til SNVer er strukturell CYP2D6-variasjon relativt hyppig forekommende. Metodene som brukes for å analysere kopitallsvariasjon påviser eventuell delesjon eller duplikasjon av hele CYP2D6 ved long-range PCR-reaksjoner og undersøker to ulike områder i CYP2D6-genet (intron 6 og ekson 9) ved TaqMan sanntids-PCR. Strukturell variasjon som er beskrevet for CYP2D6 inkluderer duplisering/multiplisering av hele eller deler av CYP2D6-genet, forekomst av CYP2D6/CYP2D7 og CYP2D7/CYP2D6 hybridgener og tandem-varianter (to eller flere ulike CYP2D6 strukturelle varianter på samme DNA-tråd). Resultatene etter CYP2D6 kopitallsanalyse vil i noen tilfeller være vanskelige å tolke. Dette skyldes gjerne egenskaper ved prøven som påvirker PCR-reaksjonene eller en kompleks genotype. Analysemetodene som benyttes hos oss vil ikke kunne gi svar på alle mulige strukturelle varianter for CYP2D6, og dersom pasienten har duplikasjon (eller multiplikasjon) av CYP2D6 og én (eller flere SNVer) vil ikke metoden gi svar på hvilket allel som er duplisert (eller multiplisert). Eventuell usikkerhet knyttet til kategorisering av fenotype vil fremkomme i svarrapporten.
  • Andre kommentarer til gen-analysene
    Pasientens genotype er i utgangspunktet stabil og uendret gjennom hele livet. Det er således normalt ikke indisert å gjenta en genotyping hvis den er utført tidligere og svaret er tilgjengelig for rapportering. Unntak kan være:
    • Ønske om ny genotyping med en mer omfattende metode: Hvis man tidligere bare har fått undersøkt én eller noen få DNA-sekvensvarianter i det aktuelle genet, kan det være aktuelt å teste på ny med en ny eller mer omfattende metode som fanger opp flere varianter.
    • Pasienten er transplantert: Stamcelletransplantasjon tilfører donorleukocytter, noe som vil gi endret genotype ved analysering av blodprøve. Organtransplantasjon tilfører organ med donors genotype. Blodceller og øvrige vev er da uendret.
    • Mistanke om feil: Selv om det er sjelden, kan det forekomme berettiget mistanke om feil genotyperesultat. I så fall kan ny genotyping være indisert. I tillegg til prøveforbytning eller feil knyttet til analysering eller rapportering, kan det ved leukopeni i forbindelse med graviditet eller hos personer som får ordinær blodoverføring (én enhet SAG-blod kan inneholde inntil 1 million leukocytter) forekomme at det i en periode på inntil noen måneder blir en tilblanding og proliferasjon av hhv fosters eller blodgivers leukocytter (mikrokimerisme) som kan gi endret genotyperesultat.
    • Klonal ekspansjon av mutert cellelinje hos pasienten.
  • Kilder/referanser
    Bremer S, Genetikkens rolle i person­tilpasset legemiddelbehandling, Norsk Farmaceutisk Tidsskrift 2020; 9: 30–7
    www.PharmVar.org
    www.pharmgkb.org

Referanser:
Web-side for legemiddelanalyser og farmakogenetikk ved Oslo universitetssykehus
Oppdatert informasjon om cyp’er og andre gener, oversikt over genvarianter og referanser til litteratur som anbefalingene bygger på, finnes på websiden PharmGKB;
PharmGKB: tabeller med genvarianter, allelfrekvenser, diplotyper…

Publisert av A.C.Svarstad, S.S.Tuv & S.Bergan

Sist oppdatert 23.oktober 2023 av Stein Bergan