TPMT -mer detaljer om genvariantene
Det er store forskjeller i TPMT-enzymaktivitet mellom individer. Blant kaukasere har det blitt rapportert at 88,6% har høy, 11,1% intermediær og 0,3% ingen påviselig TPMT-aktivitet (Weinshilboum R et al., Am J Hum Genet 1980; 32:651–662). Forskjellene i enzymaktivitet kan i stor grad forklares av TPMT-genvarianter (Krynetski EY et al, Proc Natl Acad Sci USA 1995; 92:949–953. og Tai HL et al, Am J Hum Genet 1996; 58:694–702.)
TPMT-genet er lokalisert på kromosom 6p22.3 og består av 10 eksoner. Det finnes minst 30 TPMT-genvarianter som påvirker TPMT-enzymaktiviteten. De fleste av disse er ikke-synonyme (missense) sekvensvarianter som gir aminosyreendring og har blitt assosiert med redusert eller manglende TPMT-aktivitet. Til sammen utgjør TPMT*3A, *3C og *2 ca. 95% av genvariantene som gir redusert eller manglende enzymaktivitet.
TPMT-genvarianter som analyseres ved OUS-RH
| Allel | Sekvensvariant (nukleotidendring i DNA)1 |
Referanse SNP (rs) ID | Molekylær effekt | Allelets funksjonelle status | Inkludert i analyse (fra dato) |
Kommentar |
|---|---|---|---|---|---|---|
|
*2 |
Enkeltnukleotidvariant (SNV), |
rs1800462 |
Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet. |
Ingen funksjon | mai 2002 |
– |
|
*3B |
Enkeltnukleotidvariant (SNV), NM_000367.4:c.460G>A (p.Ala154Thr) |
rs1800460 |
Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet. |
Ingen funksjon |
desember 2001 |
– |
|
*3C |
Enkeltnukleotidvariant (SNV),NM_000367.4:c.719A>G (p.Tyr240Cys) |
rs1142345 |
Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet. |
Ingen funksjon |
desember 2001 |
– |
|
*3A |
Forekomst av TPMT*3C-varianten på samme allel som TPMT*3B-sekvensvarianten benevnes TPMT*3A. |
rs1800460 + rs1142345 |
Endret tertiærstruktur, degradering av TPMT-protein og manglende TPMT-enzymaktivitet. |
Ingen funksjon |
desember 2001 |
– |
|
*16 |
Enkeltnukleotidvariant (SNV), NM_000367.4:c.488G>A (p.Arg163His) |
rs144041067 |
– |
Trolig redusert funksjon |
– |
– |
|
Referanser 1Jfr. referansesekvens NM_000367.2 og NP_000358.1. 2Forekomsten av genvarianter kan være høyere eller lavere i andre (sub)populasjoner. 3TPMT*1 (villtype) betyr at ingen av de undersøkte sekvensvariantene er påvist og innebærer vanligvis normal enzymaktivitet. 4Kunnskapen om TPMT*16-allelet er begrenset. Forkortelser: Kau= kaukasisk, Af= afrikansk, As= asiatisk opphav |
||||||
Av Silja Skogstad Tuv & Stein Bergan [lastupdated format=»d.m.y» before=»(Oppdatert pr.» after=»)»]
Sist oppdatert 27.juli 2021